L’établissement d’un péage est souvent lié à la construction de moulins, source de revenus supplémentaires pour les propriétaires. C’est le cas pour le moulin de Cantecort, situé sur la commune de Gaujac. Il a été édifié pour les Albret au milieu du XVe siècle, en liaison avec la construction du château à péage du même nom.
Au XVIe siècle, les Albret possèdent sur leur domaine de Cantecort, deux moulins, situés sur les rives de l’Avance, près de sa confluence avec la Garonne. L’un d’eux emporté par une crue de la Garonne en 1612, n’est pas relevé. Le second, au contraire, a probablement été restauré par les successeurs des Albret, la famille de Gasq.
Le moulin est cité dans les possessions d'Albret puis de Gasq, en 1485, 1581, 1672 et sans doute restauré plusieurs fois à l'époque moderne.
L'Avance avec son fort débit permet l'essor du moulin qui deviendra une minoterie (activité industrielle de traitement de la farine).
Il est reconstruit presque complètement avec trois biefs dont une roue à aube, et une maison de meunier, peu avant 1786 pour les comtes de Marcellus.

Le 1er quart du XIXe siècle voit la reconstruction des biefs et de deux ponts, la surélévation du moulin d'un étage, et la construction d'un bâtiment en retour avec greniers et servitude de passage sous les arcades. L'équipement se modernise : cribles et blutoirs complètent l'étage supérieur.
Il est à nouveau signalé en 1826 avec six roues montées en parallèle sur deux arrivées d'eau, et une roue à aube latérale. La chambre des meules est reconstruite en 1861, date portée sur les arcades intérieures.
Avec le développement de l'activité, un chemin de fer est aménagé vers la Garonne au 4e quart du XIXe siècle.
Pourtant la minoterie péréclite et les bâtiments annexes seront transformés en  atelier de fabrication de jouets avec des machines à tourner. C'est à cette même époque qu'est détruite la partie du moulin avec la roue à aubes.
Le moulin est vendu en 1950 au meunier de Gaujac, Pauquet qui a restauré le toit. La maison du meunier est laissée en ruine, un des deux ponts est détruit et les biefs comblés.